故事發生在第一部的四年之后此時特警K（湯姆?李?瓊斯 飾）已經退休成為一名普通的郵局局長而J（威爾?史密斯 飾）則繼續從事MIB的工作　　卡洛瑟星邪惡女王蛇蓮娜來到地球需找宇宙能量“薩塔之星”占領了MIB的總部而當年逃亡到地球的薩塔公主蘿娜曾請求MIB把 “薩塔之星”藏在地球全面負責這件事情的K為了地球的安全拒絕了她　　面對來勢洶洶的蛇蓮娜MIB派J去尋找k調查當年事件的真相怎樣說服失去記憶的K相信外星人的存在成了J面臨的第一個難題……