誰也不曾想過七十年前那期神秘的羅斯威爾事件時至今日仍對全體人類產生著如此巨大的影響并且鮮少有人窺見真相的全貌即使它就在那里某天過著頹廢生活的前聯邦探員福克斯·穆德（大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾）以及他最為信賴的搭檔——正在某某教會醫院擔任醫師的丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）重新聚在一起原來一檔旨在揭露政治黑幕節目的主持人找到他們希望二人披露政客利用外星人來控制人類的真相以此為契機關閉已久的X檔案重新開啟一度對各種離奇事件失去信心的穆德在斯科莉的陪伴下重新踏上征程 　　而這一路上層層隱藏起來的真相以及人類可怕的未來將相繼呈現在他們的眼前……